学院于2005年获得药学一级学科硕士学位授予权，2009年经批准设立了药学一级学科博士后科研流动站，2010年获得药学一级学科博士学位授予权与硕士专业学位授予权，涵盖了药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等二级学科。

研究生联合培养单位：

1. 中国科学院上海药物研究所

2. 中国科学院深圳先进技术研究院

3. 江苏省原子医学研究所