南京医科大学青春健康教育协会成立于2020年11月30日，由校青春健康工作领导小组进行指导，校工会、药学院负责日常管理。协会以大、中学校学生为主要服务对象，深度把握“健康教育、青春关怀、爱心互助、社会实践”四大主题，将“南医特色”融入青春健康活动企划中，增强学院间、社团间、校内外三环联动，拓展教育覆盖面和影响力，通过同伴教育、专题讲座、社会实践等多种形式提高10-24岁青少年性与生殖健康认知水平，取得良好成效。

协会先后举办150 余次专题活动或宣传，将医科类大学专业特色与青春健康教育有机结合，并形成品牌效应，得到学习强国、江苏共青团、南京日报等多家媒体报道；同时通过暑期社会实践、研支团志愿行、与丹阳/海中等名校“双高” 联动等志愿实践类项目，将青春健康教育带出校外、带进中小学、走进特殊群体，直接影响人数30000+，间接影响人数50000+。近年来，社团获得第二届长三角高校本科生临床药学技能邀请赛临床药学服务赛道三等奖、教育部高校思想政治工作质量提升综合改革与精品建设项目、中国计生协青春健康高校项目、江苏省高校青年志愿服务项目大赛银奖、校十佳社团等多项突破性成果与业绩。