余汉文，博士，南京医科大学药学院副教授。
研究方向：重大脑疾病演化机制与治疗。围绕唐氏综合征、自闭症谱系障碍、阿尔茨海默病、重性抑郁障碍等重大脑疾病，结合人源脑类器官、胎脑与疾病样本、单细胞/空间多组学、比较基因组学、疾病状态空间建模和功能实验，解析疾病扰动下神经发育与神经退行过程中的内源性适应机制和病理状态演化规律，进而为脑疾病的机制解释、靶点识别和精准治疗提供新思路。
研究专长
• 重大脑疾病的演化医学机制：从“演化—发育—疾病—治疗”的连续框架出发，研究遗传剂量异常、调控元件演化、转座子活性、细胞状态演变与脑疾病易感性之间的关系。
• 疾病内源性适应与稳态调控：将疾病理解为复杂生命系统在扰动下的动态响应过程，重点解析神经细胞在染色体剂量失衡、发育压力和退行性损伤中的保护性、代偿性或韧性相关程序。
• 人源脑类器官与疾病模型：构建和整合皮层、小脑、基底前脑等脑类器官模型，用于模拟人类脑发育、染色体非整倍体相关疾病、神经退行性疾病以及疾病治疗反应。
• 单细胞多组学与算法开发：熟悉scRNA-seq、scATAC-seq、single-cell multiome、空间转录组学、转录组/表观组等多组学分析；具有算法和软件开发经验，包括Evo-Chat、WCPBA、Evo-Karyotype、Evo-Fit等。
• 治疗靶点发现与转化评估：围绕染色体稳态、纤毛发育、细胞命运决定、保护性程序和神经修复等方向，开展疾病关键节点识别、功能验证与干预策略探索。
代表性论文
以下论文按发表年份排列；#表示共同第一作者。
1. Hanwen Yu; Yan Liu. Generating 3D mouse organoids for cortex development and evo-devo. Developmental Cell, 2025, accepted.（第一作者）
2. Mengmeng Jin; Ziyuan Ma; Rui Dang; Haiwei Zhang; Rachael Kim; Haipeng Xue; Jesse Pascual; Hanwen Yu; Ava V. Papetti; Yan Liu; Steven Finkbeiner; Elizabeth Head; Ying Liu; Peng Jiang. A myeloid trisomy 21-associated gene variant is protective from Alzheimer's disease. Nature Neuroscience, 2025.
3. Da Wang#; Xinyue Zhang#; Xiao-Yan Tang#; Yixia Gan#; Hanwen Yu#; Shanshan Wu; Yuan Hong; Mengdan Tao; Chu Chu; Xiaoxuan Qi; Hao Hu; Yimin Zhu; Wanying Zhu; Xiao Han; Min Xu; Yi Dong; Qing Cheng; Xing Guo; Yan Liu. Generation of human nucleus basalis organoids with functional nbM-cortical cholinergic projections in transplanted assembloids. Cell Stem Cell, 2025.（共同第一作者）
4. Xueyao Chen#; Hanwen Yu#; Yu Yin#; Bing Cai; Gaohui Shi; Yan Xu; Lujuan Rong; Xiu Yu; Boyan Wang; Canquan Zhou; Jichang Wang; Chenhui Ding; Tianqing Li; Yanwen Xu. Abnormal lineage differentiation of peri-implantation aneuploid embryos revealed by single-cell RNA sequencing. Clinical and Translational Medicine, 2025, 15(5).（共同第一作者）
5. Yuanlang Hu; Tao Hao; Hanwen Yu; Wenbin Miao; Yi Zheng; Weihua Tao; Jingshen Zhuang; Jichang Wang; Yujuan Fan; Shiqi Jia. lhCLIP reveals the in vivo RNA-RNA interactions recognized by hnRNPK. PLOS Genetics, 2023, 19(10).
6. Chenglei Tian#; Jing Wang#; Xiaoying Ye#; Jiyu Chen#; Rongyan Zheng#; Hanwen Yu; Jie Li; Guoxing Yin; Linlin Liu; Nannan Zhao; Guofeng Feng; Zhengmao Zhu; Jichang Wang; Guoping Fan; Lin Liu. Culture conditions of mouse ESCs impact the tumor appearance in vivo. Cell Reports, 2023, 42(6).
7. Xiu Yu#; Shiqi Liang#; Manqi Chen#; Hanwen Yu; Ruiqi Li; Yuliang Qu; Xuhui Kong; Ruirui Guo; Rongyan Zheng; Zsuzsanna Izsvak; Chuanbo Sun; Mingzhu Yang; Jichang Wang. Recapitulating early human development with 8C-like cells. Cell Reports, 2022, 39(12).
8. Mingzhu Yang#; Hanwen Yu#; Xiu Yu#; Shiqi Liang; Yuanlang Hu; Yuxin Luo; Zsuzsanna Izsvak; Chuanbo Sun; Jichang Wang. Chemical-induced chromatin remodeling reprograms mouse ESCs to totipotent-like stem cells. Cell Stem Cell, 2022, 29(3).（共同第一作者）
9. Hanwen Yu#; Manqi Chen#; Yuanlang Hu#; Songbang Ou#; Xiu Yu; Shiqi Liang; Niannian Li; Mingzhu Yang; Xuhui Kong; Chuanbo Sun; Shiqi Jia; Qingxue Zhang; Lin Liu; Laurence D. Hurst; Ruiqi Li; Wenjun Wang; Jichang Wang. Dynamic reprogramming of H3K9me3 at hominoid-specific retrotransposons during human preimplantation development. Cell Stem Cell, 2022, 29(7).（第一作者）
10. Jia, K.K.; Ding, H.; Yu, H.W.; Dong, T.J.; Pan, Y.; Kong, L.D. Huanglian-Wendan Decoction Inhibits NF-kappaB/NLRP3 Inflammasome Activation in Liver and Brain of Rats Exposed to Chronic Unpredictable Mild Stress. Mediators of Inflammation, 2018:3093516.
11. Zhao, X.J.; Yu, H.W.; Yang, Y.Z.; Wu, W.Y.; Chen, T.Y.; Jia, K.K.; Kang, L.L.; Jiao, R.Q.; Kong, L.D. Polydatin prevents fructose-induced liver inflammation and lipid deposition through increasing miR-200a to regulate Keap1/Nrf2 pathway. Redox Biology, 2018, 18:124-137.
科研项目
1. 多组学解析人源疾病类脑的发病机制（南京医科大学引进人才启动基金，KY109RC2024009）。2024-07-01至2029-07-01；50万元；在研，主持。
2. 利用小脑类器官解析TTC3在唐氏综合征小脑发育障碍中的作用及机制（南京医科大学未来新兴学科研究培育课题，JX218SYL20240503）。2025-01-09至2026-12-31；50万元；在研，主持。
3. AURKB介导染色体稳态调控在唐氏综合征脑发育中的机制研究（江苏省高等学校基础科学（自然科学）研究面上项目，25KJB180009）。2025-01至2026-12；5万元；在研，主持。
4. 基于唐氏综合征胎脑及类器官模型的小脑发育障碍机制研究（江苏省基础研究青年基金项目，BK20250577）。2025-07至2028-06；20万元；在研，主持。
联系方式：yuhw6@njmu.edu.cn
